Het bestuur kan natuurlijk niet alles wat er voor de vereniging moet worden gedaan alleen doen. Daarom zijn er een groot aantal commissies in het leven geroepen om (samen met het bestuur) alles wat het CDL doet mogelijk te maken. De commissies vallen uiteen in twee categorieën: ALV-commissies en bestuurscommissies. 
 
ALV-commissies
De Algemene Ledenvergadering van het CDL heeft twee vaste en wisselende commissies:

• Financiële Advies en Controlecommissie (FAC): De FAC houdt namens de ALV de boeken van de vereniging in de gaten, d.w.z.: ze controleert de huidige Quaestor en voorziet hem of haar van advies. Traditioneel gezien nemen oud-quaestoren plaats in deze commissie.
• College van Voorzitters (CvV): Het CvV is een vrij uniek orgaan binnen onze vereniging. Bij de meeste verenigingen zit de voorzitter of praeses van de vereniging ook de algemene ledenvergadering voor. Dit kan leiden tot belangenverstrengeling en in heftige discussies kan de voorzitter wellicht slecht objectief de discussie leiden. Om dit te voorkomen is bij het CDL een CvV in het leven geroepen. Dit college, bestaande uit maximaal vijf ervaren leden, zit de vergadering voor. 
• Stemcommissie: stemcommissies zijn maar een kort leven beschoren en worden tijdens de ALV gebruikt om de op papier uitgebrachte stemmen objectief te kunnen tellen. In de stemcommissie neemt altijd één voorzitter, één gewoon lid en één bestuurslid plaats.

Bestuurscommissies
Het bestuur heeft ook een groot aantal commissies onder haar hoede, hier volgt een alfabetische lijst met een korte toelichting:

• Buitenlandreiscommissie: de Buitenlandreiscommissie organiseert de tweejaarlijkse buitenlandreis naar een bestemming binnen Europa. De buitenlandreis is bedoeld voor derdejaars en ouder en wordt logischerwijs ook door die groep georganiseerd. 
• Buurlandreiscommissie: de Buurlandreiscommissie is de voormalige Belgiëreiscommissie die ooit een reis naar Duitsland heeft georganiseerd. Een iets algemenere naam was dus wenselijk. De Buurlandreis is een reis voor tweedejaars en is ook helemaal georganiseerd door tweedejaars. 
• Chimicaredactie: de Chimicaredactie brengt vier keer per jaar de Chimica acta Lugduni uit, het verenigingsblad van het CDL. Behalve zorgen voor de benodigde verslagen van activiteiten en interessante (chemische) stukken wordt ook de layout door de redactie zelf gemaakt. 
• Collegeresponscommissies (1e jaar, 2e jaar scheikunde, 3e jaar en master): de CRC's evalueren eens per kwartaal de vakken die in die periode worden gegeven. Op allerlei punten wordt een vak besproken en deze feedback wordt door de assessor onderwijs naar zowel de opleiding als de docent gecommuniceerd. Veelal met resultaat!
• Computercommissie: de Comcie is verantwoordelijk voor de werking van de hard- en software die de vereniging en het bestuur nodig hebben. Van de pc's en printer op het hok tot de ledendatabase en niet te vergeten de website, de Comcie is van alle markten thuis.
• Diescommissie: de Diescommissie is natuurlijk verantwoordelijk voor het organiseren van de verjaardag van het CDL, in de week van 20 mei. 
• Eerstejaarscommissie: de Eerstejaarscommissie is misschien wel de enthousiastste commissie van allemaal. Gevuld met acht eerstejaars organiseren zij leuke activiteiten voor alle eerstejaars.
• Eerstejaarsweekendcommissie: de commissie bestaande uit de meest slapeloze leden van het CDL en TG. Samen organiseren zij het altijd mooie Eerstejaarweekend in het weekend voor de ELCID. Het EJW is de perfecte gelegenheid voor de studenten om kennis te maken met de opleiding en de studieverenigingen. Een hele intensieve, mooie en dankbare commissie!
• Feminicommissie: Kortweg de feminicie, organiseert activiteiten speciaal voor de vrouwelijke leden van het CDL "omdat in deze wrede mannenwereld de vrouwen toch dichter tot elkaar moeten komen". Ook organiseert ze enkele activiteiten voor alle leden ter integratie. 
• Fotocommissie: zonder Fotocommisissie geen foto's. Bewonder ze onder het kopje foto's!
• Liedcommissie: sinds jaar en dag telt het CDL een Liedcie die te pas en te onpas liederen schrijft voor bij reizen of mooie evenementen. Duidelijk de meest lyrische van alle commissies!
• Masterscommissie: speciaal voor de masters is er in 2011-2012 een masterscommissie opgericht. Deze organiseert speciaal voor 4e jaars bachelor en masterstudenten leuke en/of informatieve activiteiten.
• Revicie: in het najaar van 2011 heeft de Revicie zich ingezet om de statutenwijziging op poten te zetten. 
• Tappersgilde: het Tappersgilde, met Adje Gadro als mascotte, zorgt ervoor dat na de activiteiten van het CDL de leden niet met dorst naar huis gaan. Eens in de vijf weken staan ze ook achter de tap bij de facultaire donderdagborrel. Buiten hun tapperskunsten organiseren ze ook nog eens hun eigen activiteiten, zoals het CDL-TG feest van 2012.
• Traktaatcie: de Traktaatcie is ontstaan uit de bakcie. De leden van de Bakcie vonden in 2011 dat het woord 'bak' in de commissie naam een te grote beperking legde op hun creativiteit. Het doel van de Traktaatcie is nog steeds hetzelfde: heerlijke traktaties verzorgen voor tijdens de Algemene Ledenvergadering.

Buiten deze 'eigen' commissies neemt het CDL ook deel aan een groot aantal overkoepelende overlegorganen en organiseren ze faculteitsbrede en interstedelijke activiteiten mee. Deze zijn terug te vinden onder het kopje Samenwerkingen.